Это может быть все что угодно.
Я бы сначала посмотрел внутрь этих папок сразу после загрузки - что в них появляется? Обычно папка создается под скачиваемые файлы, которые после использования удаляются. Если поймать этот момент - по названию файлов вероятно можно будет понять откуда уши растут.
В диспетчере задач опять же после загрузки посмотреть активные процессы - может что то необычное обнаружится, какой нибудь "updater.exe", в свойствах можно сразу путь откуда он посмотреть. Если это не помогает, посмотри время создания папок, открой "просмотр событий", и посмотри в списках какие события происходили в это время.